A Limnologia UFRJ principiou de maneira estruturada com a criação em 1989 do Laboratório de Limnologia, com a transferência do Prof. Francisco de Assis Esteves da Universidade Federal de São Carlos (UFSCar) para o Departamento de Ecologia do Instituto de Biologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) na Ilha do Fundão.
Com o Prof. Francisco Esteves vieram da UFSCar inicialmente três dos seus orientados no Programa de Pós-graduação em Ecologia da UFSCar: Reinaldo Luiz Bozelli, Fabio Roland, Marina Suzuki. Algum tempo depois também veio Renata Panosso, na época aluna de IC e que se tornaria a primeira aluna do recém-criado Programa de Pós-Graduação em Ecologia da UFRJ. Ao chegar a UFRJ a pequena equipe se debruçou na tarefa de transformar um depósito de sucatas localizado no sub-solo do Bloco A do instituto de Biologia em um Laboratório de Limnologia. Esta tarefa demandou cerca de dezoito meses, durante os quais tiveram que se envolver pela busca de recursos financeiros para a obra e com a administração da mesma.
Paralelamente, à construção física do laboratório de Limnologia da UFRJ, a equipe dedicou grande parte do seu tempo em duas tarefas de cunho acadêmico: a primeira foi a concepção de projetos de cunho limnológico voltados ao estudo das lagoas costeiras do Norte Fluminense; e a segunda, a concepção de um Programa de Pós-graduação, que mais tarde se tornou realidade com o nome de Programa em Ecologia da UFRJ (PPGE/UFRJ).
Para o desenvolvimento dos projetos de pesquisa, a equipe optou por concentrar suas atividades no município de Macaé, onde era possível encontrar lagoas de diferentes características ecológicas. Já no início das pesquisas, realizadas em condições muito precárias de infraestrutura, foi detectado que, com a chegada da Economia do Petróleo na região, haveria a necessidade de maior presença de grupos de pesquisa capazes de realizar estudos de longa duração para fornecer resultados capazes de subsidiar o desenvolvimento econômico regional em bases sustentáveis.
Neste contexto, a expansão das pesquisas em Macaé resultou em duas ações de grande importância científica e social: a criação do Núcleo em Ecologia e Desenvolvimento Socio-Ambiental de Macaé (NUPEM/UFRJ), atualmente denominado Instituto de Biodiversidade e Sustentabilidade (NUPEM/UFRJ), e a liderança no movimento científico-social que levou à criação do Parque Nacional da Restinga de Jurubatiba, o único Parque Nacional que protege ecossistemas de restingas no Brasil.
Atualmente, a Limnologia UFRJ tem duas sedes: uma no Campus da UFRJ localizado na Ilha do Fundão na cidade do Rio de Janeiro e outra no NUPEM/UFRJ na cidade de Macaé. Porém, sua atuação se estende a outras regiões do país, desenvolvendo estudos sobre biodiversidade, ciclagem de nutrientes e em projetos visando a recuperação de ecossistemas aquáticos continentais. Estes projetos de têm como metas principais gerar conhecimentos que possam ser aplicados na conservação, manejo e recuperação de ecossistemas aquáticos e a formação de profissionais altamente qualificados em Limnologia.
Desde o seu início, dois princípios de grande relevância, são paradigmas para o grupo da Limnologia UFRJ:
a) a concepção e execução de projetos compromissados com o desenvolvimento científico na área de Limnologia, com a preservação dos ecossistemas aquáticos continentais e com o papel social dos resultados destes projetos;
b) o compromisso com a formação de profissionais, caracterizados por sólidos conhecimentos científicos e por fortes princípios éticos, para atuarem liderando grupos de pesquisa em universidades, em órgãos governamentais e na iniciativa privada.
A produção de conhecimentos científicos na área de Limnologia, muitos dos quais pioneiros no Brasil, associada à formação de recursos humanos altamente qualificados são legados que permitem afirmar, que ao longo de sua história a Limnologia UFRJ tem prestado relevantes serviços à sociedade brasileira, na medida que tem contribuído de maneira consistente para a preservação, uso racional e recuperação de um recurso indispensável à sociedade: os ecossistemas aquáticos continentais.