O Laboratório de Biogeoquímica realiza análises em águas (doce e marinha), sedimentos e gases atmosféricos.
Em águas naturais os principais analítos são: nitrogênio amoniacal, nitrito, nitrato, fosfato e silicato, sulfeto, sulfato, cloretos, fluoretos e cor da água. Para estas análises  são utilizadas técnicas por espectrofotometria (Perkin-Elmer) e cromatografia de íons (Methron) com detectores de condutividade de UV.

Análises de pigmentos são realizadas por espectrofluorimetria (Eclipse Varian). Análises de carbono orgânico são realizadas em um analisador elementar de carbono Innovox GE. A titulação é realizada em um tilulador automático de alta performance Titrino (Metrohn), ideal para as análises de oxigênio dissolvido e alcalinidade. Também são utilizadas balanças de cinco e seis casas da marca Sartorius.

Amostras de sedimento são analisadas quanto as suas características granulométricas (granulômetro a laser Altmann Mastersize 2000) e um analisador elementar de carbono e nitrogênio (CHN - Thermo Scientific).
Análises isotópicas de C, N, O e H em gases, sólidos e líquidos são realizadas em um espectrômetro de massas (Thermo Finingan)

Análises de gases (gás carbônico, metano e óxido nitroso) são realizadas em cromatografia gasosa (Agilent) e por difração a laser (Los Gatos).

O Laboratório de Biogeoquímica conta com profissionais especializados nas áreas de Biologia, Ecologia, Oceanografia e Geoquímica para a operação dos equipamentos e avaliação dos resultados.

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